Рыбы озера Севан представлены семействами лососевые— Salmonidae, сиговых— Coregonidae и карповых- Cyprinidae. К семейству лососевых принадлежит севанская форель (SevanTrout–Salmo ischchan Kessler 1877) своими 4 расами: летний бахтак (S. Ischchan aestivalis), зимний бахтак (S. ischchan ischchan), гегаркуни (S. Ischchan gegharkuni), боджак (S. Ischchan danilewskii). Представитель семейства сиговых – это в 1920-30-х годах акклиматизированный сиг (Coregonus lavaretus). К семейству карповых принадлежат 2 эндемичные виды озера: севанская храмуля (Khrami carp-Varicorhinus capoeta sevangi) и севанский усач (Barbus goktschaicus). В начале 1980 годa в озере появился серебрянный карась (Carassius auratus gibelio), который проник в озеро из водной системы Араратской долины. С 1987 года 2 эндемичные виды: севанская форель и севанский усач, были зарегистрированы в Красной книге Армении.