Заповедник “Гилли” находится на юго-западной части национального парка у канала Гилли, в устьевых частей рек Масрик и Гегамасар и занимает площадь 1810 га, из которой земельный участок занимает 1325 га, а акваториальный участок 485 га. Общая длина границы составляет 23.3 км. Территория заповедника имеет 10.4 км длину и 1.8 км ширину. Цель заповедника — это обеспечение защиты устьевых частей рек Масрик и Гегамасар для развитии и нереста ценных и редких видов рыб, а также защита прилегающих болот, как мест обитания птиц.